質問

はい、「ユーザーがどのようなキーワードを検索して流入したか」についてGoogleアナリティクス上、あるいは各種アクセス解析ツールでは確認できなくなりつつあります。GoogleやYahoo! Japanといった国内主要検索エンジンが検索結果を暗号化するようになったためです。

その状況を補足するため、Googleサーチコンソールの「検索アナリティクス」レポートの併用をお勧めいたします。